药师咒的念诵方法其实就是一个完整的念诵咒语的过程，我们在念诵的时候尽量选择一个没有人打扰的地方，然后才可以念诵药师咒。

我们的第一步是要先洗澡沐浴漱口，身心意念清净专一不要打妄想。第二布就是恭敬念诵108遍药师咒请药师佛加持此病人所要吃的东西或者此病人要吃的药，或者无虫水。回向的话，宣化上人没有具体说——但末学觉得按照其他咒语的回向方法回向就可以了，此仅供师兄参考，比如说——念诵完咒语后先回向给法界和一切众生永无病苦，身心健康，破迷开悟，去除贪嗔痴，早证菩提等。然后再请药师佛加持病人xxx喝下此108遍药师咒所加持过的东西后，永无病苦，身心健康，离苦得乐!最后一步就是给病人服用。——末学觉得如果能让病人自己在吃加持食物之前能恭敬念诵南无药师琉璃光如来圣号数遍或者念诵药师咒数遍也不错。

其实念诵108遍药师咒的好处是非常巨大的，我们可以尽量就遵循这种方式念诵。以上只是本人的个人观点，若是有什么不正确的地方还希望诸位师兄多多包涵。